Organisasi Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam Papua termasuk tipe A yang terdiri dari:

1. Kepala Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam Papua.
2. Kepala Sub Bagian Tata Usaha.
3. Kepala Seksi KSDA Wilayah I.
4. Kepala Seksi KSDA Wilayah II.
5. Kepala Seksi KSDA Wilayah III.
6. Kelompok Jabatan Fungsional (Polisi Kehutanan, Pengendali Ekosistem Hutan dan Penyuluh Kehutanan).

Bagan Struktur Organisasi Balai Besar Konservasi Sumber Daya Alam Papua sesuai PERATURAN MENTERI KEHUTANAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR 4 TAHUN 2025 TENTANG ORGANISASI DAN TATA KERJA UNIT PELAKSANA TEKNIS DIREKTORAT JENDERAL KONSERVASI SUMBER DAYA ALAM DAN EKOSISTEM adalah sebagai berikut: